苯胺蓝染色原理是基于酸性物质与碱性染料阳离子之间的结合。苯胺蓝是一种碱性染料，其阳离子具有染色作用。在组织细胞中，酸性物质（如细胞核中的DNA）与碱性染料的阳离子相结合，从而使细胞结构呈现出颜色。这种染色方法可以帮助研究人员观察和分析样本的微观结构。